Bár ma már alig lakják zsidók, Boszniában évszázadokon át élénk zsidó élet folyt. A közösség Spanyolországból érkezett, a zsidók 1492-es kiűzetését követően. A legtöbb menekült az Oszmán Birodalomban talált menedékre, melyhez abban az időben Bosznia is tartozott. A Szarajevóban letelepedett zsidók Olaszországon, Görögországon és Bulgárián keresztül érkeztek meg új hazájukba 1565 körül – írja a Jguideeurope.
A török fennhatóság alatt – a többi, nem muszlim közösséghez hasonlóan – korlátozott jogokkal és magas adóterhekkel, de viszonylagos szabadságban éltek. Belső ügyeiket maguk intézhették, de az öltözködésüket szabályozták: sárga turbánt és fekete cipőt viselhettek csak, zöld ruhadarabjuk pedig egyáltalán nem lehetett. A boszniai zsidó nőket jellegzetes viseletükről lehetett felismerni. Hímzett, ladinó nyelven anteriyas-nak nevezett ruhát hordtak, tokados-szal, azaz pénzérmékből fűzött lánccal ékesített fejfedővel, mely teljesen eltakarta hajukat.
A boszniai zsidók, ahogy mindenki más ezen a kereskedelmi útvonalaktól távol eső, hegyes vidéken, meglehetős szegénységben éltek a török hódoltság idejében. Voltak ugyan közöttük neves orvosok, rabbik és tudósok, a többség azonban egyáltalán nem volt tehetős. A legszegényebbek megsegítésére hozták létre a Benevolencija nevű segélyegyletet, mely 1992 és 1995 között, a boszniai háború idején ismét működésbe lépett, segítve a rászorulókat, legyenek bármely nemzetiségből is.
Bosznia 1878-ban szabadult fel az oszmán uralom alól és 1908-ban vált az Osztrák-Magyar Monarchia részévé. A térség igen gyors fejlődésnek indult, melynek következtében nagy számban települtek be askenázi zsidók, akik aktív szerepet játszottak az ipar, a gazdaság és a kultúra felvirágzásában.
A feljegyzések szerint a századforduló körül Szarajevó összes orvosa zsidó volt.
Az első világháborút követően Bosznia Jugoszlávia részévé vált. A zsidó fiatalság körében ekkor vált népszerűvé a cionizmus eszméje, de sokan csatlakoztak a marxistákhoz is. A második világháború előestéjén mintegy 14 ezer zsidó élt Boszniában, köztük nyolcezren a fővárosban. 1942-ben, a német megszállás után a terület a fasiszta horvát állam ellenőrzése alá került.
A zsidók üldözése azonnal kezdetét vette, és ebben remekül együttműködtek a horvát usztasák és a bosnyák SS-alakulatok, melyeket a jeruzsálemi főmufti, a manapság palesztin nemzeti hősként ünnepelt el-Husszeini, Hitler hű szövetségese szervezett meg. A boszniai zsidók kivették a részüket a partizánmozgalomból, de többségüket helyben legyilkolták vagy deportálták, és mindössze 2200-an élték túl a holokausztot. A túlélők közül sokan azonnal Izraelbe vándoroltak, a Boszniában maradtak közül pedig a legtöbben beolvadtak a többségi társadalomba. A kilencvenes évek háborúi és a további kivándorlás tovább csökkentette a létszámot, így ma már csak egy maroknyi zsidó él Szarajevóban.